当前，随着营改增的全面铺开以及金税三期工程的深入应用，各类虚开增值税专用发票案件开始暴露。以浙江省杭州市某税务稽查局为例，2017年该局部门通过协查信息管理系统收到的各地稽查部门协查函中，95%以上为上游开票企业已确认虚开增值税专用发票协查函。根据相关规定，对于上游已经确认为虚开的增值税专用发票，下游受票企业不管以何种方式取得均需对相应的增值税专用发票做进项税额转出处理。在税务稽查实践中，检查人员发现多家企业在接受税务稽查部门检查之前，已对问题发票做进项税额转出，但通常存在以下问题。

一是转出月份与抵扣月份不一致。打个比方，部分企业存在将问题进项发票于2016年2月认证抵扣，但于2016年12月做进项转出的情况。该种转出方式可以使企业缴纳更少的滞纳金，但对于增值税所属时期以月份计算的属性来说，该种转出方式是不严谨、不正确的，且对于企业来说也存在税务风险。大部分虚开发票的受票企业规模较小，财务人员大多为兼职会计，流动性较强，而发票进项税额使用情况通常按该张发票的抵扣月份进行查询，若企业按上述方法进行进项税额转出，财务人员未能发现发票已做进项转出处理，不能提供具体凭证资料，税务稽查人员则会根据相关规定，要求企业对收受的发票再做进项转出。

二是转出的进项税额未对应相应发票。在税务稽查过程中，检查人员曾碰到此类企业，该企业在2016年3月共认证申报增值税进项税额126万元，当月销项税额46万元，增值税进项税额经抵用后期末留抵80万元，该企业随后接税源管理部门风险发票、失控发票转出的通知，需转出税额大于80万元，由于企业资金紧张，该企业先将留抵的80万元进项税额做进项转出处理，其余欠税状态，而该80万元留抵税额并不等于几份发票的进项税额之和。当稽查部门接到该企业已确认虚开的协查函后（涉案税额14万元），要求企业将对应的发票进行进项转出，但企业无法证明哪部分发票已作进项发票转出，为了使自己的经济利益受最小的损失，该企业认定自己已经将此14万元税额做了转出处理。此时的税务机关处境较为尴尬，企业为商贸企业，所有的进项商品均为同一商品，在库存商品账中也无法区分商品明细，既无证据证明其未做转出，也无证据证明其已经转出。

三是已做进项转出的税额大于稽查要求转出的税额。当企业申报月份已转出的进项税额大于稽查协查案件中要求转出的进项税额时，若企业财务账未作明确处理，或企业财务人员未记录当时的进项转出的发票具体明细，此时稽查部门无法区分申报表上的该笔进项转出税额是否已经包括稽查部门根据协查函要求做进项转出的发票，若企业将稽查部门要求转出的发票在其他月份与其他问题发票一同转出，则更不容易发现并证实进项发票已转出，存在重复补税的风险。

四是同一个月份有多份相同税额的进项发票。企业在同一个月份有多张进项税额相同的发票申报抵扣。企业自行做进项转出的发票税额与稽查部门要求转出的进项发票税额一致，若企业财务账目不明确，且财务人员有变动未能说明实际情况，税务机关无法区分具体转出的发票号码，影响案件办理准确性。

目前，企业若在征期内对申报抵扣的发票做进项税额转出则可以自行网上申报，征期之外则需要通过办税服务厅做进项转出的处理，而在最新的纳税服务规范中，企业修改申报表仅需填写好申报表盖单位公章即可，对于进项税额转出无须提供纸质说明或对应的进项发票复印件。因此，一旦企业在某个月份的增值税申报中做了进项税额转出，除非是税源管理部门要求的转出有具体台账记录外，仅通过现有申报表无法说明该企业转出的进项税额对应发票情况，给稽查部门的案件检查带来诸多的不确定性，对企业自身来说也存在着重复补缴税款的风险。因此，笔者建议，对增值税申报表附表二进行调整，对进项税额转出栏次设置备注栏，纳税人做进项税额转出申报时需将进项税额转出的原因、对应的发票进行说明，以备后期查证之需。